裸子植物的果皮是裸露的,沒有果皮包被,而被子植物有果皮包被。裸子植物有發達的根、莖、葉、種子,沒有花朵、果實,被子植物有根、莖、葉、花、果實、種子,種子不裸露。此外,被子植物不含雙黃酮化合物,而裸子植物除少數類羣外,都含有雙黃酮化合物。